上海市第五人民醫院創建于1904年，為工部局所建的“西人隔離醫院”。1939年由日本同仁會接辦，改稱“同仁會醫院”。1945年收歸國有，定名為“上海市市立第五醫院”，1949年上海解放，更名為“上海市市立第五人民醫院”。1960年遷至閔行，一度又稱“上海市閔行區中心醫院”、“上海市工農醫院”，1984年經批準恢復“上海市第五人民醫院”院名。1995年原閔行區傳染病醫院并入。1998年閔行區人民政府和原上海醫科大學聯手共建市五醫院，隨著原上海醫科大學與復旦大學合并為新的復旦大學，現醫院又稱“復旦大學附屬上海市第五人民醫院”，為二級甲等非營利性公立醫院。

上海市第五人民醫院目前占地5.81公頃（約90畝），建筑面積6萬平方米。醫院核定床位584張，開放床位800張，年門急診量超過70萬人次，年住院病人超過1.4萬人次，住院病人手術超過6,000例次；現有職工1,000余人，專業技術人員900余人，其中高級職稱百人，碩博士46人。醫院現擁有上海市百人計劃1名，上海市曙光學者1名，上海市醫苑新星1名，上海市區縣百人計劃4名，閔行區衛生系統學科帶頭人14名；有6人享受國務院特殊津貼；4位專家列入上海領軍人才“后備隊”（閔行領軍人才）培養計劃。

上海市第五人民醫院作為復旦大學附屬醫院和蚌埠醫學院、皖南醫學院教學醫院，醫院每年承擔五所院校臨床、公衛等七個專業200余人的教學任務，擁有授課教授和兼職教授60余人。醫院每年發表學術論文約200篇，約1/3在國內核心和權威期刊上發表，部分在國外期刊中發表，也有一些有IF、SEI、SCI指數的文章。

上海市第五人民醫院現有萬元以上設備600余件，擁有重癥監護（ICU、CCU），全國一流的高壓氧艙、MRI、16層CT、ECT、DSA、800MA的大型X光機、數字胃腸機、C臂介入X光機、全身及腦部彩色超聲診斷儀、血液透析、腹腔鏡、關節鏡、電子內鏡系統、碎石機、全自動生化分析儀、超聲乳化儀、玻璃體切割器、眼科電腦視野儀、多種激光治療儀等大型醫療儀器設備，直線加速器也正在配置中。醫院資產總值達3.5億元，其中設備總值8000余萬元。醫院現能開展全膀胱切除-原位新膀胱術、腹腔鏡膽囊切除、腎囊腫切除術及腹腔鏡手術治療宮外孕、人工心臟起搏器安裝、心臟間隔缺損封堵術、射頻消融術、冠脈造影及安置支架、人工晶體植入、喉再造等難度高、技術新的手術。良好的醫療環境，優質的醫療服務使群眾對醫院滿意率達到94%，醫院連續五次被評為上海市文明單位。

上海市第五人民醫院從建院之初的8個臨床科室，150張床位的條件下，努力發展學科建設，陸續開設了絕大部分二級和三級學科，迄今已基本齊全。設有內科（分設呼吸、心血管、消化、腎臟、神經、內分泌、血液、感染與風濕病等分科）、普外科、胸外科、神經外科、泌尿外科、婦產科、兒科、骨科、中醫科、老年科、腫瘤科、傳染科、急診科、麻醉科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、保健科、職業病科、高壓氧科、理療科、檢驗科、核醫學科、放射科（含放射介入和放射治療科）、藥劑科、超聲醫學科、病理科、營養科等37個專業科室。其中泌尿外科和中醫支氣管炎專科是上海市醫學特色專科；眼科、耳鼻喉科、病理科、兒科新生兒專業、心內科、呼吸科和骨科是閔行區醫學特色專科；高壓氧艙治療為國家級和上海市繼續教育項目。各科室積極開展新技術、新項目，有較好的搶救重危病人水平。