鼻咽部囊腫首先是會出現鼻子部分的問題，一開始是首先會鼻塞，并且為一般單側的情況，之后會擴展到耳部，因為鼻咽部囊腫會導致鼻咽部囊腫受到一定的堵塞和壓迫的情況，就會引發耳鳴，和聽力減退的情況。第三個是會經常引起三叉神經的疼痛，并且因此就會導致頭痛，頭痛在一開始是間接性的，而之后就會持續發作，還有導致身體的淋結巴腫大，身體中形成腫塊。