1、并發口腔感染

口腔感染主要是在患病期間不注意口腔衛生及不進行口腔護理導致患者出現以口腔潰瘍為主要特點的并發癥。口腔感染通常以口腔潰瘍最為多見。

2、并發支氣管肺炎

支氣管肺炎是流行性乙型腦炎常見的并發癥之一，尤其是對于咳嗽及吞咽反射減弱、消失、昏迷的患者最容易發生支氣管肺炎。人體感染乙型病毒正是引發支氣管肺炎的主要病毒之一。

3、并發肺不張

由于流行性乙型腦炎患者嚴重時不能自主進行咳嗽、吞咽反射時。呼吸道內的分泌物也不能順利排出，越聚越多，到最后就會引起肺不張。肺不張是指一個或多個肺段或肺葉的容量或含氣量減少。通常表現為胸悶、氣急、呼吸困難、干咳，合并感染時，還會可引起患側胸痛，突發呼吸困難和發紺、咳嗽、喘鳴、畏寒和發熱、心動過速、體溫升高、血壓下降等諸多癥狀。

4、并發敗血癥

乙型腦炎患者還有可能感染金黃色葡萄球菌，引發敗血癥。敗血癥主要是指致病菌或條件致病菌侵入血循環，并在血液中繁殖，引發全身性疾病的一種疾病。敗血癥的主要表現高熱、皮膚損傷、嘔吐、腹瀉、關節腔積液、肝、脾腫大等疾病。